Trong những thập kỷ qua, ngành cơ khí và quản lý thủy lợi luôn cho thấy sự đóng góp một vai trò trọng yếu đối với sự phát triển của sản xuất nông nghiệp ở Đồng bằng Sông Cửu Long. Một số kênh, đê và cống đã được xây dựng và nhiều trạm bơm cũng đã đi vào hoạt động. Các đầu tư vào cơ sở hạ tầng này nhằm phục vụ nhiều mục đích khác nhau, nhưng trong số đó quan trọng nhất là cung cấp nước cho tưới tiêu, kiểm soát lũ (ở thượng lưu châu thổ) và ngăn chặn sự nhiễm mặn ở khu vực ven biển.
Hiện nay, công trình thủy lợi ở châu thổ được quản lý bằng một hệ thống quản lý phức tạp. Hệ thống này bao gồm các cơ quan quản lý nhà nước ở các cấp hành chính khác nhau, cũng như các công ty quản lý và khai thác công trình thủy lợi ở một số tỉnh. Trách nhiệm được phân cấp theo quy mô và trình độ của công trình. Ví dụ, các kênh rạch lớn thông qua biên giới các tỉnh có thể do Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn
(MARD) ở Hà Nội hoặc cơ quan đại diện của Bộ ở tỉnh (Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn) quản lý. Các kênh rạch nhỏ hơn (C1 & C2) nói chung do các cơ quan chức năng quận/huyện quản lý (Phòng Kinh tế/Phòng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn). Mỗi đơn vị quản lý nhận một nguồn ngân sách để duy trì và xây dựng theo kế hoạch hàng năm của mình. Các công trình thủy lợi nội đồng như kênh và đê trên mặt ruộng do các nhóm nông dân tự quản lý. Đó là các nhóm thuộc các hợp tác xã hoặc các nhóm hợp tác khác ở cấp thôn và đồng thời đóng góp lao động và quỹ để duy trì hoạt động của mình.
Trong hai năm 2006-2008, Cần Thơ đã chi tiêu 80 tỷ đồng (tương đương 4,5 triệu Đô-la Mỹ) để duy trì và mở rộng mạng lưới thủy lợi của tỉnh. Khoảng một nửa số tiền được chi cho các công trình thủy lợi nhỏ hơn, dưới sự quản lý của các cơ quan chức năng quận/huyện. Phần lớn nhất của các nguồn ngân sách này dành cho huyện Vĩnh Thạnh và huyện Thốt Nốt, nằm ở phía bắc Cần Thơ. Đây là khu vực chịu ảnh hưởng nhiều nhất do mực nước tăng cao vào mùa mưa và do đó có nhu cầu về quản lý thủy lợi là tương đối cao (kiểm soát lũ).
Tình trạng trầm tích đất ở các lòng sông và kênh rạch diễn ra trên khắp châu thổ. Xét về mặt thủy lợi, tình trạng này gây ra vấn đề lớn do trầm tích dẫn đến khan hiếm nguồn nước. Một biện pháp phòng ngừa là tiến hành nạo vét các kênh rạch trong khoảng 6 đến 7 năm một lần. Hoạt động này thường được thực hiện vào mùa khô khi mực nước ở các kênh rạch xuống thấp. Trước đây,nông dân được huy động đào bằng tay và các chiến dịch thủy lợi lớn tập hợp hàng ngàn người tham gia. Ngày nay, việc nạo vét chủ yếu được thực hiện bằng máy, đặc biệt là đối với các kênh rạch lớn. Tuy các khu vực nông thôn đã được cơ giới hóa, song nhu cầu lao động từ nông dân vẫn không hoàn toàn mất đi; nguồn lao động này vẫn cần thiết để bảo tồn các kênh rạch C3 và các kênh rạch trên ruộng nhỏ hơn. Các số liệu gần đây cho thấy trong giai đoạn 2006-2008, nông dân Thành phố Cần Thơ đã dành ra tổng cộng 182.000 ngày công lao cho hoạt động nạo vét kênh rạch. Trong số đó sử dụng lực lượng lao động nhiều nhất là các Huyện Phong Điền (46.000 ngày) và Ô Môn (33.000 ngày). Cũng trong giai đoạn này, cả hai huyện đều đầu tư tương đối ít vốn cho lĩnh vực thủy lợi.